1、种植的水稻品种受限制。一般来说，能够在蔬菜大棚中种植的水稻，都是在品质和口感方面比较有特色的的品种，否则的话也不会耗费这么大的人力、物力在大棚中种水稻。我们单位曾经在大棚中种植过稻花香2号品种，因为我所在的农场是黑龙江省第3积温带下限地区，主栽品种是11片叶。但是稻花香2号是15片叶的品种，常规种植不能正常的成熟，所以就采取在大棚中育秧、大棚移栽的方式种植。相比于常规种植来看，成熟度方面有一定的优势。但是在产量方面并不理想，没体现出特别的优势。而且，在建三江地区很多农场都搞过大棚种植水稻的试验，也都是以品质和口感较有特色的稻花香2号、龙稻18、松粳22等优质品种为主。所以，大棚种植水稻，在品种选择方面就有一定的限制。
2、操作较为繁琐、难度大、附属设施多。以我们单位之前操作的经验来看，大棚种植水稻首先的一个难点是水整地。想要在大棚内水整地，就要保证大棚有足够的高度和宽度让农机车辆作业。但是大部分的蔬菜大棚满足不了这个需求，只能通过人工的方式进行水整地，作业强度和难度比较大。或者是使用小型的旋耕机进旋耕、起垄、人工移栽的方式进行旱种水稻。不管是哪一种，与大田作业相比，难度都是成倍的提升。
其次是管理方式上的差异和难度。与大田管理相比，大棚种植水稻的空间相对封闭，在病虫害的防治方面有一定的优势，发生病虫害的几率相对小一些。但是，在水肥管理上的难度要比大田难上许多。一方面是大棚内的温度远高于室外的温度，大棚内的水分蒸发速度过快，在用水量方面有着较高的要求。而且，由于是在大棚内种植，只能采取漫灌、滴灌、微喷的供水方式，效率低、且微喷供水有一定的副作用。同时，蔬菜种植大棚由于常年的大量施用肥料，土壤肥力并不是十分的均衡，也会增加大棚种植水稻的肥料施用难度。不能按照常规大田水稻种植的方式施用肥料，容易出现肥料施用不足或者过量施用的问题。
3、大棚种植水稻的品质没有明显的提升。从水稻种植的原理来看，大棚的温度高，水稻灌浆更充分，在品质和口感上应该会有较大的提高。但是，实际的情况并非如此，是什么原因造成这种情况的发生呢？原因就在于温度，“成也温度、败也温度”。我们都知道，大棚种植有一个优点就是能够增加有效积温的积累，就是因为拱形大棚的增温作用。但是，在夏秋季节，大棚内的温度非常高，即便是采取两侧通风的方式还是不能有效的降低温度。这就在大棚内形成一个类似南方籼稻灌浆期高温的环境，出现水稻灌浆期因为高温而形成“高温逼熟”的情况，既有机物、淀粉分子快速在籽粒中无序的积累，虽然灌浆充实度有改善，但是淀粉分子的排列无序、杂乱无章，对优质水稻的品质和口感有着直接的影响。所以，这也是大棚种植水稻需要面对的一个不利影响。
4、效益上的劣势。虽然说，大棚种植水稻在产量上有可能会出现一定的优势，毕竟灌浆充实度有优势、有效积温也有优势。但是与一年多季种植的蔬菜相比，一季水稻种植的效益与蔬菜相比还是有着较大的劣势。从产出比的角度来讲，大棚种植水稻也是不符合农民的需求。
至于说其他的在棚内通过水培、无土栽培等方式种植水稻来讲，在投入和产出方面更是处于入不敷出的状态，这里就不多做介绍了。总的来说，大棚种植水稻的利润与种植蔬菜相比还是有着较大的差距，不建议您盲目的入坑。
以上是我对这个问题的一些看法， 如有不当之处请海涵。
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