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羊肚菌重茬，会造成菌丝稀疏、发菌慢、出菇期间容易感染镰刀菌、黑脚病、蛛网病等杂菌和虫害，有时候减产一半以上，甚至会绝收。
同其它食用菌和农作物一样，是同一块地连续种植同一种作物2年上的现象。除极少部分作物连作能促进其生长外，在正常的相同管理方式下，绝大多数连作都会出现生长状况变差、产量降低、品质变劣及病虫害加剧将等现象，对作物造成了不同程度后的危害，这种现象严重影响了种植户的经济效益。并且重茬次数越多，年限越长，重茬障碍越严重。
为什么羊肚菌重茬会有很多危害？
在羊肚菌的营养生长和生殖生长过程中，羊肚菌的子囊果和菌丝体会分泌或释放某些物质，对下茬羊肚菌的营养生长和生殖生长产生抑制作用称为羊肚菌自毒作用。自毒作用在双孢菇、平菇等食用菌中也是一种普遍存在的现象。自毒作用通过羊肚菌子囊果的淋溶、菌丝在土壤中的分泌和羊肚菌残体的腐烂与分解等途径，释放一些物质进一步来毒害羊肚菌。这些物质到底是什么、作用机制如何，在羊肚菌的系统发育中有何意义等问题，目前还不十分清楚。
从羊肚菌生物学特征来看，羊肚菌属于一类特殊的腐生性蕈菌，在自然生态系统中，共生性的蕈菌，一般都会在原地多年出菇，因为有机营养主要来源是植物体。腐生性的蕈菌在同一个地点连续多年出菇的概率比较低，因为其子实体大量生长以后，会消耗掉该菌喜好的营养物质，分泌出或残留下对自己生长不利的物质，所以不会连年发生。在同一塑料大棚或地块中，由于连年，不间断种植羊肚菌，所引起的羊肚菌子囊果生长发育不正常、产品质量下降、病虫害严重、产量降低的现象。生产实践表明，重茬次数越多、年头越长，重茬障碍现象就越严重。一般来讲，黏性土的重茬问题重于沙性土壤的。
其次，羊肚菌的栽培使土壤及周边环境中有害虫卵增加，导致羊肚菌生长发育过程中，虫害严重。种植羊肚菌使土壤中原来的矿质元素平衡被破坏。羊肚菌的生长发育对土壤中的矿质元素的吸收具有选择性，连年种植羊肚菌，使土壤中矿质元素的平衡被打破，营养元素之间的拮抗作用，会影响到羊肚菌对某些元素的吸收，容易出现生理性病害，最终导致品质与产量下降。
最后，连续种植羊肚菌很多微量元素，有的时候还会使得羊肚菌出现不喜或有害的元素富集情况。连续种植羊肚菌会使得羊肚菌菌丝分泌物集累增加，而且同种羊肚菌菌丝分泌物会对同种食用菌产生明显扣制作用。其中大量有害病菌附着在大棚内壁、棚膜、设施等器械上。有害病原菌会使羊肚菌的栽培使土壤及周边环境中害虫密度增加，造成羊肚菌生长发育过程中的虫害严重。在有害病原菌到达一定数量后会使在种植羊肚菌后，使土壤中原有矿质元素种类与含量发生变化。羊肚菌的生长发育对土壤中的矿质元素的吸收具有选择性，连年种植羊肚菌，将使土壤中某些矿质元素的含量下降或缺乏，不再能满足羊肚菌对某些元素的需求，易出现生理性病害，最终导致羊肚菌品质与产量下降。羊肚菌的种植使土壤中有益微生物减少，有害微生物积累，导致羊肚菌种植过程中，病害严重。
怎么解决重茬危害
进行消毒处理
如果是塑料大棚，要把大棚内壁、棚膜、设施等器械的消毒处理，将湿度增加到70%以上，诱导杂菌和有害微生物孢子萌发，使用菌立消熏蒸消毒，3-5天一次，连用2-3次，老棚变新棚!结合高温闷棚效果更好!其次对土壤的消毒处理，在种植羊肚菌结束后，在羊肚菌残料上浇透水，并喷雾复合益生菌+螯合微量元素+螯合中药+生物防虫产品，两天后浇透大棚內土壤使之深度达到15公分左右，然后进行高温闷棚7-15天。老地块变成新地块！
如果是平棚，羊肚菌播种前20天，在土壤表面散农药辛硫磷（用量参照说明书），然后进行旋耕，杀灭土壤中的害虫。在种植羊肚菌时使用益富源菌菇生态宝冲施，每亩地5-10公斤，不但能提高产量，也能起到预防重茬障碍的作用。
有些地区的多年种植经验表明，采用播种之前撒播生石灰的措施进行消毒灭菌，对于降低病害、减轻虫害成效明显。生茬地一般每亩用量200斤以上，重茬地每亩用量400~600斤或以上。
使用轮作的方法：结合轮作一个半月的疏菜种植通过重茬处理，大棚内壁、棚膜、设施等器械上附着大量有害微生物进行了有效的杀灭和控制；羊肚菌废料上、土壤中的有害微生物进行有效的杀灭及控制，分解掉了上茬羊肚菌菌丝害分泌物，并建立了适合羊肚菌菌丝生长的微生物菌群，补充了土壤的的营养物质和螯合微量元素，增加土壤的通透性和保湿性。
相同地块避免连续多年种植羊肚菌，可行的方案是种植羊肚菌之后，来年的夏季和冬季到再下一年的夏季种植常规的农作物，到第三年冬季的时候再种植羊肚菌，但不可直接将田地荒废，此类操作风险最低。
淹水处理：如水稻田，进行水稻耕作，淹水3-4个月。但此方法不适合旱地。实践证明，在南方地区栽培羊肚菌，羊肚菌收获以后再继续栽培水稻，土壤经过连续几个月的淹水状态，即厌氧处理以后，杀死了许多有害生物，重新积累营养物质，在水稻收获以后，又可以栽培羊肚菌。
土地深耕：使用大型翻耕机将土壤深耕至30-40cm，将深层土翻耕至表层，起到换土作用。本措施风险系数最低。特别是在晴朗天气施撒生石灰后，用旋耕机旋地10-15cm，覆盖地膜或闭棚，起到闷热和触杀作用，可以有效的杀灭土壤中的虫卵和病菌。本操作需要羊肚菌种植至少15天前进行，效果较为理想。
此外，应避免使用除草剂，以免影响羊肚菌的正常生长发育。
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