很高兴参与此问题的讨论，在四川大面积种植花椒，本人长期从事花椒种植技术推广，对此有一定程度的体会，现做如下简要分享，希望能帮助到你。
一、断根情况分析
花椒幼树期主要是进行营养生长，以迅速长树，扩大树冠为目的，为充分利用土地资源套种辣椒也是可以的，你所谓的伤根太多无法确定断根到什么程度。套种时部分断根对花椒树根系产生刺激会长出更多新根，有利于花椒生长，过度断根对花椒树的生长发育肯定是有影响的，具体的影响程度跟断根的时间、土壤墒情、补救措施、辣椒的种植密度都有关系。
（1）断根势必打破花椒树地上部和地下部原有的平衡，树体重新调集营养长根，造成树体从土壤中吸收水分和养分的能力降低，可供花椒树利用的养分减少，叶片功能随之衰弱，光合作用产物也随之减少，因此断根对花椒树营养生长起到一定的抑制作用，减缓了树体生长速率不利于树体健壮生长，对伤根不太严重的个体，如果补救措施得当，随着时间的推移，恢复的可能性还是比较大的。
（2）因各地气候条件存在比较大的差异，如果旋耕的时间处于根系生长高峰期，对树体影响可能会小些，短期内因调集营养长根，但从长远来看不会产生致命性影响，反而有利于花椒树的生长。
（3）过度断根易严重抑制地上部的生长造成小老树现象，甚至造成树体死亡。因为过度断根可能造成毛细根也就是吸收根大量受损，树体吸收水分养分的能力大幅降低，从此以后对水肥不再敏感，生长缓慢，会造成树体年生长量严重不足，树体会未老先衰，不死都会形成小老树。试想一个人的嘴巴严重受伤，又不送医院治疗，长期无法吃东西，会是什么情况，最严重的可能性就是被活活饿死。
（4）如果种植辣椒的密度不合理甚至过大还势必造成严重的争水争肥现象，这种情况下，到底是以花椒树为主还是以种植辣椒为主，这样根系严重受损给花椒树带来一次伤害，套种辣椒给花椒树生长带来二次伤害，这样就带来的结果可能不仅仅是未老先衰，甚至可能直接毁园。
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二、补救措施
（1）建议加强肥水管理，通过少量多次的办法加强管理，建议20天左右施用一次高氮肥料，同时喷施叶面，快速补充营养，最大程度减轻根系的负担，为树体调集营养长根提供坚实的物质基础。
（2）加强对花椒树群体的对比观察，在同等肥水管理条件下，过度断根的部分树体因根系对肥水敏感程度大幅降低，树体的生长量必然大幅减少，花椒树会出现“死不长”的情况，对这种树及时挖掉重新补栽。
（3）合理确定辣椒种植的密度，建议单行单垄，尽量减少争水争肥的程度。因花椒树根系受损，吸收能力减弱，对病虫害的抗性减弱，应加强病虫害防治，为花椒树恢复创造良好的环境条件。
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